公司的清算程序：（一）成立清算组；（二）接管公司，公司原法定代表人应当全面向清算组移交公司管理权；（三）清理公司财产；（四）接管公司债务；（五）设立清算账户；（六）通知或者公告债权人申报债权，进行债权登记。
清算程序介绍：
一般而言，清算程序是主体资格类行政许可事项注销的必经程序，而对非主体资格类行政许可进行注销则不需要经过清算程序。根据我国相关法律的规定，主体资格类行政许可相对人在向行政许可机关申请注销行政许可之前，应当先组织清算。例如，《中华人民共和国公司登记管理条例》第43条规定，公司只有在清算结束以后才能向原公司登记机关申请办理注销登记，同时该条例第44条也明确规定清算报告是公司申请注销登记必须提交的材料之一。再例如，《基金会管理条例》第18条规定：基金会在办理注销登记前，应当在登记管理机关、业务主管单位的指导下成立清算组织，完成清算工作。
对于如何进一步合理设置行政许可注销中的清算程序，学界对此也展开了大量探讨，而讨论也主要是集中在对经营类主体资格的清算程序的完善方面。针对经营类主体资格清算制度存在的诸多问题而导致的经营类主体不愿主动组织清算，进而无法正常对行政许可进行注销的现状，许多学者提出了设想。例如，有学者认为应当通过简化清算程序，降低企业清算、注销成本，促成企业自愿清算和申请注销，同时采取公共托管制度，改革营业执照保管方式和企业信息查询体制，并启动依职权注销制度。也有学者认为可以通过运用说服、示范、教育、协商、劝告、建议等行政指导手段，对行政许可相对人进行引导教育，促使其依法进行清算。
清算程序内容：
根据新公司法及相关法律法规的规定，公司清算程序主要包括以下的程序
首先，公司解散事由出现之日起15日内成立清算组。清算组正式成立后，公司即开始进入实质性清算程序。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。清算组成立后，应立即在法定期限内直接通知、公告债权人并进行债权登记，以便债权人在法定期限内向清算组申报债权。然后由清算组清理公司财产，编制资产负债表和财产清单。包括固定资产和流动资产，有形资产和无形资产，还包括债权和债务。在清理后，还需编制资产负债表和财产清单，作为下一步工作的基础。按照一般程序进行清算时，如遇到法律规定的特殊情形，可以转向特殊的破产清算。按照《公司法》的有关规定，因公司解散而清算，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当立即向人民法院申请宣告破产。清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，制定清算方案，在经相关部门、组织确认后，即可按照方案来分配财产。清算结束后，清算组应当制作清算报告和清算期间收支报表及各种财务账簿。在股东会、股东大会或人民法院确认后，清算报告生效。将其报送公司登记机关，申请注销公司登记，并进行公告。至此，公司清算工作全面结束，公司清算实现了它的最终法律效力——公司人格消灭。
需要强调的是，有限责任公司股东之间因分利不匀等其他人为因素，导致公司趋于解散，个别股东请求予以清算不成，由此产生的纠纷，人民法院一般不应受理。这一举措，是鉴于股东之间的权利义务由股东契约自治和公司章程规定，隶属于《公司法》的私法调整范畴，上述纠纷未涉及社会公众利益的，国家一般不主动实行干预。人民法院作为国家司法机关，应当严格遵循《公司法》基本原则，重视和尊重公司的高度自主权，只有在国家利益、社会公众利益面临受损时才可适时的、适当的介入公司内部运作，而不能依个别公司、个别股东的要求而随意或强制的进行清算，否则会影响交易的安全和市场经济生活的有序，使司法调整陷入被动。
清算程序方式：
许多国家的破产法规定，破产清算程序的终结应由法院以书面裁定的方式正式作出并予以公告。
有的国家的破产法规定，对破产财产应有一个决算报告，即在债务人资产变现和分配后，由管理人召集债权人会议作出破产财产决算的报告。
在破产财产的最后分配完结之后，管理人应当及时向人民法院提交破产财产分配报告，并提请人民法院裁定终结破产程序。在债务人没有财产可供分配时，管理人可以请求人民法院裁定终结破产案件。人民法院查证属实后，也应当作出破产程序终结的裁定。
人民法院应当自收到管理人要求终结破产程序的请求之日起十五日内作出是否终结破产程序的裁定。人民法院裁定终结破产程序的，还应当予以公告。